Los máximos órganos de gobierno de la Fundación del Museo Guggenheim Bilbao son el Patronato y el Comité Ejecutivo. Por su parte, para llevar a cabo su operativa diaria, el Museo Guggenheim Bilbao consta de diversas áreas de actividad
Patronato
El Patronato está compuesto por representantes de los Patronos Fundadores —Gobierno Vasco, Diputación Foral de Bizkaia y The Solomon R. Guggenheim Foundation—, así como por los Patronos no fundadores. Preside el Patronato el Lehendakari del Gobierno Vasco.
